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Vírus e bactérias são a causa de muitas doenças infecciosas em animais. Alguns colocam uma população inteira em risco de doenças epizoóticas ou enzoóticas. Estas doenças são listadas como “doenças legalmente consideradas contagiosas”. Nesta categoria encontramos doenças transmissíveis ao homem, como a raiva. A maior parte das principais doenças dos animais de produção (febre aftosa; peste equina, suína e bovina; mixomatose; raiva) puderam ser controladas ou erradicadas graças à vacinação e à utilização de medicamentos modernos; no entanto, epizootias recentes (encefalopatia espongiforme bovina, gripe aviária) mostraram que a globalização do comércio e dos transportes contribui agora para aumentar os riscos de transmissão aos seres humanos de um país para outro.

Os parasitas desempenham um papel direto ou indireto no aparecimento de inúmeras patologias. O controlo de pragas é decisivo para o sucesso económico das explorações pecuárias, razão pela qual doenças como a coccidiose nas aves, a estrongilose digestiva ou respiratória nos bovinos, a sarna nos ovinos, etc., são alvo de tratamento sistemático. Cães, gatos, cavalos e bovinos podem ser acometidos por micoses, combatidas por tratamentos antifúngicos. As ações de vigilância e rastreio e a eliminação dos indivíduos afetados têm permitido reduzir doenças tão graves e disseminadas como a brucelose e a tuberculose nos países desenvolvidos. Para animais de estimação, as doenças infecciosas e parasitárias estão em declínio. Por outro lado, os veterinários notam um aumento das patologias da civilização: obesidade, dermatoses, cancros.

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